Test BRAF V595E qPCR – Diagnostyka Raka Pęcherza u Psa (RVB)

Wyrób BRAF V595E (qPCR) służy do ilościowego oznaczania kopii genu BRAF niosącego mutację V595E w preparatach całkowitego DNA uzyskanych moczu psa lub preparatach pozakomórkowego DNA uzyskanych z krwi psa.

Cechy produktu

Wielkość zestawu: 100 reakcji

Reakcja: duplex (FAM: gen BRAF niosący mutację V595E, HEX: kontrola wewnętrzna)

Kontrola wewnętrzna: egzogenna/endogenna

Oznaczenie: jakościowe/ilościowe

Badany genom: psa (Canis familiaris)

Składniki zestawu:

• Mieszanina reakcyjna: zawiera polimerazę DNA, sondy i startery oraz inne składniki reakcji qPCR;
• Zestaw kalibratorów do sporządzenia krzywej wzorcowej;
• Kontrola negatywna;
• Woda PCR-grade;

Zastosowanie wyrobu

Wyrób BRAF V595E (qPCR) jest przeznaczony do analizy mutacji V595E w obrębie genu BRAF, kodującego seryno/treoninową kinazę białkową B-Raf. Obecność tej mutacji odnotowano w ponad 80% przypadków raka przejściowokomórkowego (ang. transitional cell carcinoma, TCC) u psów. Na poziomie DNA mutacja polega na zamianie nukleotydu tymidynowego (T) na nukleotyd adeninowy (A).

Wyrób może być wykorzystany do wykrywania komórek nowotworowych w badanym materiale w postaci próbek moczu, biopsji oraz krwi. Zestaw ma charakter ilościowy: służy do oznaczenia procentowej zawartości komórek niosących zmutowaną kopię genu BRAF w stosunku do całkowitej puli komórek obecnych w badanym materiale. W przypadku próbek krwi analiza jest oparta o ustalenie proporcji cząsteczek DNA uwolnionych z krążących komórek nowotworowych (ang. circulating tumor DNAs, ctDNA) obecnych w całej puli tzw. pozakomórkowych cząsteczek DNA (ang. circulating cell-free DNAs, cfDNA).

Zasada oznaczania mutacji BRAF V595E

Wyrób BRAF V595E (qPCR) opiera się na ilościowym pomiarze ilości kopii genu BRAF niosącego mutację V595E oraz ilości kopii genu B2M. Ilość kopii zmutowanej wersji genu BRAF odzwierciedla ilość komórek nowotworowych obecnych w badanym materiale. Ilość kopii genu B2M odpowiada całkowitej ilości komórek psa obecnych w badanym materiale. Zestaw zawiera dwie pary starterów. Jedna para starterów namnaża zmutowaną wersję genu BRAF. Powstający produkt PCR jest wykrywany przy użyciu sondy Taqman wyznakowanej barwnikiem FAM. Druga para starterów namnaża fragment genu B2M. Powstający produkt PCR jest wykrywany przy użyciu sondy wyznakowanej barwnikiem HEX.

Ilościowe określenie kopii wykrywanych fragmentów DNA jest możliwe dzięki krzywej standardowej sporządzonej na podstawie kalibratorów dołączonych do zestawu. Do ilościowego określenia odsetka komórek nowotworowych należy wykorzystać odpowiednio skonstruowany arkusz kalkulacyjny dostarczany wraz z zestawem. Na obecność procesu nowotworowego wskazuje obecność komórek nowotworowych powyżej 0,5% (na podstawie Tagawa M., „Quantitative analysis of the BRAF V595E mutation in plasma cell-free DNA from dogs with urothelial carcinoma”, 2020, PLoS One;15(4):e0232365). Wartość powyżej 0,3% jest wynikiem istotnie wyższym od poziomu tła (p-wartość < 0,001).